抗生素不僅會殺滅有害菌,也會誤殺好菌,這會導致身體內的菌群平衡被打破,造成醫學上一個常見的副作用 -「抗生素引起的腹瀉」(antibiotic-associated diarrhea,簡稱AAD),但臨床研究發現益生菌能有效減少副作用發生機率,因此建議使用抗生素時應增加益生菌使用劑量,並錯開服藥時間,約間隔2-3小時,才能維持消化道的好菌數量 。