過敏疾病與遺傳有很大關係，如果夫妻雙方有人有過敏體質或曾生出過敏兒，下一胎寶寶就有極高的比例會成為過敏兒。

世界過敏組織（WAO）曾於2015年提出建議：在已有一個以上過敏病人的高敏感家庭，孕婦可於妊娠第35週開始攝取益生菌，於哺乳期能經由母乳將益生菌給予寶寶；或是寶寶出生後直接餵食益生菌，可能可以幫助調節體質、降低過敏機率。不過WAO也提到，益生菌對過敏有幫助的證據仍不夠充足，並未篤定建議使用。

許多歐美研究證實，長期補充益生菌確實有助於舒緩過敏，但僅適用於異位性皮膚炎，依據目前人體臨床試驗結果，某些特定益生菌可能可以預防有家族過敏史的高危險群新生兒得到異位性皮膚炎，但罹患其他過敏病如氣喘或過敏性鼻炎的機會也可能增加。而益生菌對於氣喘、過敏性鼻炎並未有顯著的舒緩效果，但也有持不同意見的研究結果。

益生菌運用於過敏疾病的防治，理論上或許可行，但目前仍處於研究階段，其確實角色仍有待釐清，而正統治療不可偏廢，益生菌目前僅能輔助使用。
 

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