服用益生菌後情況改善是一個漸進過程，效果絕不是立竿見影。

臨床研究表明，按時服用定量益生菌，益生菌在人體腸道內有下列生長變化過程：

1.一~四週-競爭期：開始服用益生菌後1~4週內，益生菌會和腸道內已存在的壞菌及中立菌競爭，包含競爭營養，競爭生存空間，競爭能在腸壁上附著的位置。這時期壞菌會釋放大量毒素及其他代謝產物，抑制益生菌的生長，造成益生菌大量死亡，因此，此時會有”無效”的情況產生，其實益生菌不是無效，而是他打敗壞菌需要時間，而大量壞菌可能會造成腹瀉、便秘等腸道的反應，這反而是益生菌初步有效的表現。

2.四~八週-優勢期：這時期堅持服用益生菌，相當於在戰爭中不斷補充援軍，這個階段益生菌會逐漸佔上風，這時腸道內的壞菌已經低於益生菌，壞菌所釋放的毒素及其它代謝產物量也會大大減低，同時外來益生菌也會幫助體內原有的益生菌成長起來，和體內原有的益生菌進行作用，維護腸道健康。

3.八~十二週-鞏固期：這個時期益生菌在腸道內的比例越來越高，壞菌比例大幅降低，這時期不能掉以輕心，因為壞菌生存力也是非常頑強的，只有堅持服用，才能徹底將壞菌打敗。對於腸道菌群失衡的人服用益生菌至少要12週，讓益生菌腸道內其它有益菌的優勢最大化。

4.十二週以上-穩定期：當益生菌在體內佔有足夠優勢後，各種益生菌帶來的正面效果會逐漸顯現出來，為了鞏固這些效果，防止體內少量的壞菌(壞菌不可能完全消失，健康的人體內仍會有少量害菌存在。)捲土重來，這時堅持補充益生菌，讓壞菌沒有辦法再次壯大，維持腸道菌叢健康。